- KOTTA (KOnkoly Tudományos TAnács): Az Intézet évente megújuló tudományos tanácsa, mely az igazgató döntéseinek támogatását és a kétirányú információáramlást segíti elő. A nagypályázatok vezetői és a kutatócsoportvezetők automatikusan tagjai, egyébként minden karrierállomás képviselői pályázhatnak év elején, motivációs levéllel.
- PUC (Piszkéstető Users' Committee): Feladata a Piszkéstetői Obszervatórium működtetésével kapcsolatos kérdések megvitatása, esetleges problémák felvetése, javaslatok megfogalmazása. Tagjai: a piszkéstetői telephely vezetője, az intézet műszaki vezetője, a távcsövek vezérléséért és az informatikáért felelős szakemberek, az ügyeletes csillagászok.
- Etikai Bizottság: Az Intézet diszkriminációval, zaklatással és megfélemlítéssel kapcsolatos ügyekben eljáró szerve. Tagjai: az Etikai Obudsman, a HR egy képviselője és egy kutató.
- GEP (Gender Equality Plan) Task Force: a CSFK Nemek közötti egyenlőségi tervét meghatározó, és végrehajtását felügyelő bizottság. Tagjai Intézeti kutatók, HR-munkatárs, és a CSFK többi tudományos intézetének képviselői.
Az Intézetben egyéb, ad hoc bizottságok is működnek, úgy mint a szeminárium szervezési feladataival foglalkozó, az intézeti honlap megújítását végző, álláshirdetésre jelentkezőket meghallgató eseti felvételi bizottság, stb.